Institutionens ledningsgrupps uppgift är att regelbundet överlägga i frågor av operativ natur för den löpande driften. Institutionen leds av prefekten med stöd av proprefekt, viceprefekter, administrativ chef, avdelningschefer, HR-partner och kommunikationspartner.
Prefekt: Lena Neij
Proprefekt: Fredrik Hedenus
Viceprefekt nyttiggörande: Björn Sandén
Viceprefekt grundutbildning: Simon Harvey
Viceprefekt forskarutbildning: David Pallarès
Avdelningschef Energiteknik: Henrik Thunman
Avdelningschef Fysisk resursteori: Jonas Nässén
Avdelningschef Geovetenskap och Fjärranalys: Lars Ulander
Avdelningschef Maritim miljövetenskap: Ida-Maja Hassellöv
Avdelningschef Miljösystemanalys: Magdalena Svanström
Avdelningschef verksamhetsstöd: Camilla Kolm
Controller: Maria Karlsson
HR-partner: Madelene Olsson
Kommunikationspartner: Christian Löwhagen
Ledningsstöd: Klas Leifland Taieb